黄河是包头市的主要饮用水源，黄河包头段建有三处集中式饮用水源地。2008年包头市的总体目标是城市集中式饮用水水源地得到治理和保护，完成城市污水处理和重点工业污染源的治理任务，重点污染隐患得到有效治理和监控，主要污染物排放总量得到有效控制，在上游入境水质达标的情况下，经确定的城市地表水集中式饮用水源地主要指标实现达标。为此，包头市不断强化黄河包头段水环境监管，取缔违法排污企业。对沿黄现有排污企业全面清理，实施必要的限产和关停并转迁，淘汰流域内严重污染水环境的现有落后生产工艺和落后设备。加强监管，确保各企业污水达标排放，不能达标排放的要限期治理。完不成任务的，限期关停。实施水污染源动态管理，加强排污口的监督管理，对沿黄企业全面实施在线监控，完善排污口规范化整治工作。足额征收城市污水处理费和排污费，严厉查处环境违法行为，打击违法排污企业，对严重超标排污企业从重从严进行处罚。
   
　　全面推行水污染总量控制和排污许可证制度，严格控制新建项目。新建项目必须满足国家产业发展政策，达到相应生产规模，采用原材料利用效率高、污染物排放量少的清洁生产工艺，并加强管理，减少污染物的产生与排放。决不允许在水源地上游和水源保护区建设对水源地有影响的项目，严格控制高耗水、高耗能、高污染排放的行业的进入。严格按照污染物排放标准进行污染源的监控，强化新建项目的环境影响评价制度。
   
　　开展水环境整治工程。先后开展了昆河、四道沙河、东河综合整治工程，加强了重点源的整治力度，如包钢污水处理中心深度处理回用工程、包头明天科技公司废水治理及回用工程等。加强了城市污水处理厂的建设和管理，确保二级处理能力，并逐步增加脱氮除磷设施。同时治污和截流工程相结合，提高污水处理厂处理能力、管网的输送能力和企业的回用能力，使污水处理、管网输送、企业回用相匹配，减少排污量，提高水资源利用率，改善城市景观和排污状况，加快实施北郊、东河东、东河西污水处理中水回用扩建工程、新南郊污水处理工程和土右旗污水处理工程等。加大了城市基础设施建设的投入，完成工业园区污水集中处理设施建设，如包铝生态工业园区和万水泉工业园区的污水处理工程。对稀土行业采取了三项措施：组织开展稀土环保设施技术攻关，解决稀土治理难题；对沿黄稀土企业整体搬迁或集中治理，减轻对黄河的污染；加强清洁生产审核，提高水污染循环利用率。
   
　　合理开发利用城市地下水源。在不扩大地下水开采总量的前提下，实施良好地下水取代黄河水的饮用水置换工程，逐步减少了对黄河水的取用量，确保黄河的自净能力。
   
　　完善水质监测，健全报告制度，建立了水污染应急反应系统。有关部门按要求对黄河水质进行全面分析监测，准确掌握水源地的水质变化状况。当上游来水出现问题时，较准确地预测水质变化趋势，及时预警。对黄河主要控制断面建成集常规指标监测和预警预报于一体的监控系统，具备在突发污染事故时，迅速提供准确数据，及时反馈有效信息的能力。