自太湖蓝藻暴发以来，江苏省就把太湖治理作为建设生态文明的重中之中，坚持“科学治太、铁腕治污”，太湖治理取得明显成效，流域水环境有所改善，水质富营养化状态由中度转为轻度，蓝藻发生面积和频率明显下降，太湖９个集中式饮用水源地水质全部达到国家规定标准。

２００７年夏天，因太湖蓝藻突然暴发，无锡市发生了饮用水危机。此事给人们一个深刻的教训，也给全国上了一堂“生态课”。无锡市市长毛小平说，为了重现往日的“太湖美”，各级政府和生活在太湖周边的人们痛定思痛，重新审视人与自然的关系，用实际行动做出了“科学治理、和谐发展”的理性选择。江苏省专门成立了防控太湖蓝藻专家组，编制并启动了《防控太湖蓝藻暴发应急实施方案》，分别对监测预警、调水引流、应急水源地建设、打捞蓝藻等方面进行了详细部署，各项应急工作全面进入实战状态。

打捞蓝藻是太湖治理的重要一环。据统计，自２００７年到２００９年，无锡市共打捞蓝藻１４０多万吨，并形成了打捞、处理一条龙产业链，实现变废为宝。今年以来，已打捞蓝藻２０多万吨，相当于从太湖中提取了８００吨氮、１５９吨磷。此后，无锡实行有偿排污、排污权交易、河长制等措施，流域水环境有所改善，２００８年以后太湖蓝藻没有大规模暴发。

关闭小化工是太湖整治的关键一步，对此，江苏各地不留情面，严格执法。统计显示，目前，全省共关闭小化工企业４６８５家，比预定目标多完成了１０００多家。无锡市委书记杨卫泽说，无论应对金融危机和保就业的压力有多大，已关闭的１０００多家小化工也没有死灰复燃的土壤。

同时无锡等太湖流域各地还采用退耕还林、退渔还湿方式，在环太湖区建造以抗污染、耐水湿树种为主，乔灌草结合，生态功能齐全的防护林带和生态湿地，减少农业面源污染。无锡市建立了由各级党政主要领导担任的“河长制”，“河长”们的主要职责是督办所分管河流水质的改善工作，一条条河流变清了，太湖又开始重现昔日的碧波美景。

太湖治理离不开流域各地的共同配合与努力，为此，太湖流域不断强化环太湖生态文明建设区域联动机制，搭建沟通交流平台和工作协调机制，“确保饮用水安全，确保太湖水体不发生大面积水质黑臭、流域主要污染物排放量下降、水质继续得到改善” 的目标实现。有关专家认为，由于湖泊治理具有长期性、复杂性和艰巨性，太湖的水环境形势依然严峻。