三部委表示，我国将对水质较好湖泊划分为5个自然分布区域进行保护，即东北湖区、东部湖区、云贵湖区、蒙新湖区和青藏湖区。

自“九五”以来，国家对污染严重的太湖、巢湖、滇池开展了大规模的治理工作，初步遏制了“三湖”水质恶化的趋势，但“三湖”治理效果并未达到理想状态。“随着湖泊流域人口增长和经济发展，特别是近年来种植养殖业、旅游业、采矿业以及沿湖工业和城镇化不断发展，保护‘一湖清水’的压力越来越大。”中国环境科学研究院副院长郑丙辉博士说。

专家认为，开展水质较好湖泊生态环境保护，折射出国家湖泊治理的思路有所调整，即既要治劣、更要保优。此举有利于扭转过去污染越重越能得到重视、越能得到国家财政支持的“逆政策效应”，有助于避免重走太湖、滇池等多个湖泊“先污染、后治理”的老路。

郑丙辉分析，从政策侧重点看，规划由过去重点关注富营养化等水质变化，向关注整个流域生态系统健康转变，对水体营养程度变化、湖水咸化、生物多样性变化等生态环境问题予以全面关注；从保护范围看，由过去重点关注东部湖区等发达地区的湖泊或城市内湖，向全国五大湖区广覆盖转变，对西部等偏远地区的湖泊也给予应有重视；从保护资金看，水质较好湖泊生态环境保护项目资金主要由地方为主，中央财政资金视情况予以适当补助，以引导各地积极拓宽融资渠道、创新投融资机制。

规划明确，将优先选择水质较好、重要饮用水水源或具有重要生态功能的湖泊。环保部将参照《重点流域水污染防治专项规划实施情况考核暂行办法》对规划内湖泊水质保护目标进行考核。