完善资金筹集机制，拓宽资金来源渠道。按照“新增财力保重点、调整存量促发展”的原则，将新增财力的20％专项用于太湖水污染治理，并整合排污费、污水处理费等专项资金，集中财力办大事。在此基础上，充分运用市场化、社会化机制，多渠道筹措资金参与太湖治理项目建设和环保公益副业的投资。通过价格、税收、信贷、财政政策等手段，建立能反映污染治理成本的排污价格和收费机制。通过发挥财政资金“四两拨千斤”的作用，引导社会资本投向环保产业。
调整财政支出结构，保证治污资金需求。大力支持循环经济发展，促进产业结构升级。重点支持技术先进型服务企业、现代服务业等新兴产业发展，促进经济结构转型，鼓励各类企业通过发展循环经济的方式，逐步实现清洁生产，实现对环境资源的保护和再利用。大力支持现代农业建设，减少农业面源污染。支持发展有机绿色农业，引导农民调整种植结构。大力支持生态治污工程，加大科技治污力度。采取政府购买服务等方式，支持太湖蓝藻打捞长效机制的建立。在蓝藻防治技术、水质自动监测、科技部“863”项目、污染事故应急处理能力建设上加大投入力度。
确立环保优先理念，强化财税政策导向。制定实施向环境保护倾斜的财税政策，对符合政府采购产品目录和标准，具有节能、环保、自主创新的产品在同等条件下实行政府优先采购；对完成减废目标任务的企业，在技术改造、节能降耗及高新技术等政府专项资金招投标中优先予以扶持；对高消耗、高污染、高危险、低产出、低效益的“三高两低”企业和小钢铁、小电镀、小水泥、小印染、小化工的“五小企业”，取消享受市级财税优惠政策，取消资金支持。
加强治污资金审核，开展项目绩效评价。完善水环境治理资金管理模式，加强财政支出审核管理，形成资金安排有计划、资金管理有制度、资金拨付有评审、资金使用有检查、资金绩效有评价的管理模式。建立应急资金“先拨后审”的评审机制，确保资金规范、安全。
